رایزنی سازمان مجاهدین  (انقلاب) با میرحسین موسوی اختلافاتی را در این حزب برانگیخته است. گفته می شود این اختلاف نظر پس از دیدار چهارم فروردین شماری از اعضای سازمان با موسوی شدت گرفته است.


این دیدار چند روز پس از آن صورت گرفت که آرمین سخنگوی سازمان انصراف خاتمی را رخدادی ناگوار خواند و با اشاره تلویحی به نامزدی موسوی و تأثیر آن در تزلزل خاتمی به گلایه گفت: انتظار عمومی از کاندیداهای اصلاح طلب و مستقل آن بود که با درک شرایط حساس کنونی، حضور خود در انتخابات را به گونه ای مدیریت می کردند که بیشترین منفعت را برای جامعه - بخوانید مدعیان اصلاحات- تضمین می کرد.


آرمین اما چند روز پس از دیدار با موسوی در اظهاراتی مبهم، نتایج جلسه و مباحث مطرح شده بین سازمان و موسوی را بسیار مثبت توصیف کرد ولی در عین حال از اعلام موضع رسمی سازمان خودداری و آن را به آینده و  جلسات شورای مرکزی سازمان مجاهدین موکول کرد.


برخلاف ارزیابی مثبت آرمین از نشست با میرحسین موسوی برخی خبرها حاکی از آن است که موسوی نتوانسته مانند خاتمی اطمینان خاطر برخی اعضای افراطی سازمان را جلب کند و همین امر باعث اختلاف نظر طیف مذکور با دیگر اعضای سازمان که حامی موسوی هستند، شده است. گفته می شود همین اختلاف علت تأخیر در اعلام موضع رسمی - نفی یا اثبات- نسبت به موسوی در دو هفته اخیر شده است. گفته می شود حزب مشارکت نیز در وضعیت مشابهی به سر می برد و قرار است امروز در جلسه ای به بررسی بیشتر مسئله بپردازد  هر چند که خاتمی از هر دو حزب خواسته از موسوی حمایت کنند. دو حزب یاد شده پیش از این شعار انحصارطلبانه «یا خاتمی یا هیچ کس» را برای ارعاب و انفعال سایر نامزدها از جمله کروبی و موسوی سر داده بودند که به ثمر نرسید.


یادآور می شود آخرین جلسه ستادهای انتخاباتی خاتمی در 30 استان روز 29 اسفند سال گذشته با حضور خود وی برگزار شد که طی آن خاتمی از حضار دعوت کرد موقعیت او را درک کرده و به نفع موسوی فعالیت کنند اما به گزارش «اصلاحات» بسیاری از حاضران با این امر مخالفت کرده و حتی حاضر نشدند با سکوت خود به خاتمی اجازه دهند تا پاسخ میرحسین موسوی به نامه انصراف وی را قرائت کند.